O processo de limpeza e recuperação foi contínuo 24 horas por dia durante um período de oito meses. Os detritos foram transportados do local do World Trade Center para o aterro sanitário de Fresh Kills, em Staten Island, onde o material foi mais analisado. Em 30 de maio de 2002, foi realizada uma cerimônia para marcar oficialmente o fim dos esforços de limpeza. Em 2002, foi iniciada a construção de um novo 7 World Trade Center, situado ao norte do local principal do World Trade Center.

Uma vez que não fazia parte do plano principal, foi Larry Silverstein capaz de proceder, sem demora, com a reconstrução do 7 World Trade Center, que foi concluído e inaugurado oficialmente em maio de 2006; este edifício tinha sido considerado uma prioridade desde o restabelecimento da Consolidated Edison Cos, uma subestação elétrica nos pisos inferiores do edifício, foi necessário para atender às demandas de energia de Lower Manhattan. Uma estação ferroviária temporária no World Trade Center foi inaugurada em novembro de 2003 e será substituída por uma estação permanente projetada por Santiago Calatrava.

O espaço vazio resultante da destruição do World Trade Center, tem inúmeros proprietários, incluindo Silverstein e a Autoridade Portuária, o que significa que o Governador do Estado de Nova York, George Pataki, tinha alguma autoridade sobre o local. Também as famílias das vítimas, as pessoas nos bairros adjacentes, o prefeito Michael Bloomberg e outros queriam participação no local. O governador Pataki estabeleceu a Lower Manhattan Development Corporation (LMDC) em novembro de 2001, uma comissão oficial para supervisionar o processo de reconstrução do local.A LMDC realizou uma concorrência para avaliar os possíveis projetos possíveis para o local. O Memory Foundations criado por Daniel Libeskind foi escolhido como o plano diretor para o local do World Trade Center. O plano incluí a Freedom Tower com 541 metros de altura (agora conhecida como One World Trade Center), bem como um memorial e uma série de torres de escritório. Fora da concorrência para a escolha do projeto do novo World Trade Center, um desenho de Michael Arad e Peter Walker, intitulado "Refletindo Ausência" foi selecionado em janeiro de 2004.

Em 13 de março de 2006, os trabalhadores chegaram ao local do World Trade Center para remover detritos remanescentes dos ataques e iniciar o trabalho de construção. Isto marcou o início oficial da construção do National September 11 Memorial & Museum, embora com controvérsia e preocupações de alguns membros de famílias das vítimas.Em abril de 2006, a Autoridade Portuária e Larry Silverstein chegaram a um acordo em que Silverstein cedeu os seus direitos para desenvolver a Freedom Tower e a Torre Cinco em troca de um financiamento com a Liberty Bonds para a construção das Torres Dois, Três e Quatro. Em 27 de abril de 2006, uma cerimônia de início das obras foi realizada para a Freedom Tower.

Em maio de 2006, os arquitetos Richard Rogers e Fumihiko Maki foram anunciados como os arquitetos das Torres Três e Quatro, respectivamente.Os desenhos finais das Torres Dois, Três e Quatro foram apresentados em 7 de setembro de 2006. A Torre Dois, ou 200 Greenwich Street, terá uma altura de total de 410 metros. A Torre Três, ou 175 Greenwich Street terá uma altura total de 383 metros. A Torre Quatro, ou 150 Greenwich Street, terá uma altura total de 288 metros.Em 22 de junho de 2007, a Autoridade Portuária de Nova York e Nova Jersey anunciou que o JP Morgan Chase vai construir a Torre Cinco, com 42 andares, no local ocupado atualmente pelo Deutsche Bank Building e Kohn Pedersen Fox foi selecionado como o arquiteto responsável pela obra.

A construção de um novo World Trade Center foi recebida com várias críticas, que abrangem desde o design da obra até a mudança de nome.O prefeito de Nova York, Michael Bloomberg, afirmou em 2003 que "A Freedom Tower não vai ser o One World Trade Center, será a Freedom Tower." Em 2005, Donald Trump criticou o projeto da Freedom Tower, dizendo que a obra tinha "um design terrível".(Fonte: Wikipédia)